В борьбе с Колчаком Коммунистическая партия большое место отводила  революционному движению рабочих и крестьян на Урале, в Сибири, на Дальнем Востоке. Для оказания действенной помощи подпольным большевистским организациям на востоке страны еще в январе 1919 г при ЦК РКП (б) было создано Урало-Сибирское бюро во главе с Ф.И. Голощекиным.

Бюро направляла работу комитетов партии в тылу врага, посылало людей для партийной и военной работы, денежные средства, оружие. Местопребыванием Урало-Сибирского бюро являлся город Уфа. Отсюда  по горным тропам через Уральский хребет уходили в далекую Сибирь отважные посланцы партии. Каждую минуту им грозила опасность быть схваченными колчаковской контрразведкой, затем под мучительными пытками погибнуть во вражеских застенках. Несмотря на огромные трудности,  уже через месяц представители бюро были в Златоусте, Челябинске, Омске и в других городах.

Для установления связи с городами и заводами Северного Урала было организовано отделение Урало-Сибирского бюро в Вятке, во главе которого были Н.И. Уфимцев и С.Ф. Баранов. Отделение проделало большую работу и в довольно короткие сроки наладило связь с Пермью, Кунгуром, Мотовилихой, Лысьвой, Екатеринбургом и с другими местами. К концу 1919 г бюро было направлено только на Средний и Северный Урал 35 человек для постоянной работы, 2 человека – для организации издания газеты, 12 человек - для связи, отряд бойцов в 32 человека.

ЦК партии, руководя действиями большевиков в тылу Колчака, главным образом через Урало-Сибирское бюро, в то же время имел непосредственную связь с Уралом и Сибирью. В. И. Ленин и Я.М. Свердлов часто принимали ходоков с Востока, инструктировали их, передавали через них письма и указания.  

20-21 марта 1919 г. в Омске состоялась III Сибирская конференция РКП (б). На ней были  представители из Омска, Челябинска, Тюмени, Новониколаевска (ныне Новосибирска), Томска, Красноярска, Верхнеудинска, Иркутска, Благовещенска, Владивостока, всего около 20 человек. Заседание проходило в глубокой тайне. Ввиду постоянной слежки колчаковской контрразведки и опасности засылки врагом на конференцию своих агентов по подложным документам пришлось прибегнуть к особым мерам предосторожности. Большинство делегатов даже не знало помещения, где они находились, ибо  всех приезжих предварительно проводили через две-три нелегальных квартиры. Никто не имел права до окончания конференции покидать помещения. Здесь делегаты заседали, здесь и спали. Принятые меры спасли конференцию от провала. Как потом выяснилось, представитель из Челябинска оказался провокатором, подосланным белогвардейцами по фальшивому мандату. Основным вопросом конференции была выработка  новой тактики борьбы с врагом.

Политика белогвардейцев приводила  к упадку и разорению крестьянских хозяйств, к недовольству деревни экономической политикой.  Таким образом, к поборам, поркам и расстрелам прибавились новые причины заставившие подняться на борьбу с колчаковщиной широкие слои крестьян-середняков. Сибирское крестьянство становилось крупным революционным фактором.

Весной 1919 г начался новый этап в революционном движении на Урале, в Сибири, на Дальнем Востоке. В марте 1919 г Сибирский областной комитет писал в ЦК: «В настоящее время во всех организациях идет довольно энергичная работа по организации крестьянских масс. Крестьянство само организуется и ищет связей с комитетами большевиков».

Колчаковцы пытались террором сломить большевиков и обезглавить партизанское движение. Вскоре  после конференции контрразведкой врага были схвачены и 18 апреля 1919 г. расстреляны почти все члены Сибирского комитета РКП (б): А.А. Масленников, П.А. Вавилов, М.М. Рабинович и др. Несколько позже были арестованы члены комитетов в Омске, Томске, Новониколаевске и в ряде  других городов. Это ослабило коммунистическое движение на некоторое время, но не подорвало воли к борьбе.

Весной 1919 г произошло крупное восстание крестьян в Кустанайском уезде Тургайской области и Актюбинском уезде Акмолинской области. В подготовке его участвовали находившиеся в подполье большевики, бывшие советские работники и просто крестьяне и солдаты, ненавидевшие колчаковский режим. Кустанайская организация  коммунистов направила большинство своих членов по волостям уезда для организации боевых дружин. К концу марта  такие дружины были созданы во многих местах.  В поселке Александровском действовала группа из 40 человек под руководством большевика К.М. Иноземцева. В поселке Введенском дружиной руководили коммунисты - крестьянин М.Г. Летунов и учитель Н.И. Миляев. Для  объединения деятельности групп и снабжения их оружием был образован Комитет действия.

Во второй половине  марта в поселке Введенском  состоялось первое совещание руководителей кружков и боевых дружин. На нем постановили начать восстание весной, после того как  просохнут дороги. Однако выступление крестьян произошло ранее намеченного срока: трудно было удержать  накопившийся гнев к белогвардейцам. Оно началось в конце марта в поселке Долгобушинском и селе Боровом (60 км от Кустаная).

В первых числах апреля восставшие насчитывали в своих рядах около 2 тыс. человек. 5 апреля они с боем взяли Кустанай. В городе началась большая работа по сведению разрозненных отрядов в более крупные боевые единицы. В день освобождения Кустаная появился первый приказ по партизанской армии, подписанный командующим Жиляевым и членами штаба Миляевым и Летуновым. Последние оба были душою восстания и подлинными организаторами  партизан.

6 апреля 1919 г в село  Всесвятское  прибыл небольшой отряд партизан, вооруженных винтовками, берданками, револьверами. Комиссар отряда устроил среди жителей, которые состояли большей частью из переселенцев-украинцев, митинг, рассказал крестьянам, что восставшие борются за восстановление  Советской власти. Население Всесвятского вынесло решение поддержать борьбу партизан с Колчаком.  Крестьяне немедленно  арестовали представителей белогвардейской власти,  выбрали  Совет и организовали отряд. В это время в селе  находилось 500 новобранцев, следовавших из Атбасара в Кустанай. Они также присоединились к восставшим.

8 апреля колчаковцы, сосредоточив большие силы, повели наступление на Кустанай. Двое с половиной суток партизаны упорно обороняли город. Мужчинам помогали женщины и дети. Отступать никто не думал. Было очень мало оружия. На одну винтовку приходилось 3 человека. Враг имел огромное преимущество в оружии. Это  в конце концов  и решило исход боя. Отряды партизан из Кустаная отступили на Тургай, а затем на Иргиз и станцию Челкар. Здесь они соединились с частями Красной Армии.

Белогвардейцы учинили жестокую расправу над населением Кустанайского уезда и не только над мужчинами, но и над женщинами. Белогвардейцы расстреляли  в Кустанайском уезде около 18 тыс. человек. Только один карательный отряд Ванягина за месяц – с 12 апреля по 12 мая 1919 г. – уничтожил 374 человека.

Почти одновременно с восстанием в  Кустанае произошло выступление крестьян в соседнем Атбасарском уезде. Здесь центром  партизан стало село Мариинское на реке Ишиме.

К середине мая отряды восставших насчитывали около 3 тыс. человек, но вооружены они были очень слабо. В мариинском имелось  120 винтовок, 70 револьверов, 75 шашек и 1082 охотничьих ружей. Командовал отрядами Н.М. Ирченко, начальником  штаба был А.Л. Белаш.

13 мая большие силы  колчаковцев под командой генерала Волкова окружили Мариинское. Начался жаркий бой. Кольцо карателей все плотнее сжимало  восставших, отходивших в глубь села. Через несколько часов партизаны были разгромлены. Началась дикая расправа над побежденными. Белогвардеец казак Няшин в упор из винтовки застрелил крестьян Лупача и Кононенко. Старика-бедняка Сотникова застрелили только за то, что он был должен кулаку Семену Бойко 25 рублей.

14 мая  генерал Волков доносил начальству, что мятежники в Мариинском уничтожены. «Число убитых и расстрелянных, - писал он, - от 1200 до 1500 человек, кроме потопленных в Ишиме. Мариинское продолжает гореть».

На Алтае партизан возглавили  бывший председатель Каменского уездного Совета коммунист И.В. Громов и фронтовик, преданный сторонник Советской власти, Е.М. Мамонтов. С конца весны отряды партизан на Алтае стали быстро расти. Созданы три партизанских штаба: в селе  Солоновке (к юго-востоку от Славгорода), в селе Ярки (западнее города Камень) и в селе Мосихе (западнее Барнаула). В августе 1919 г партизаны захватили  город Камень. В это время в отрядах повстанцев  состояло уже несколько тысяч человек. К концу лета территория внутри треугольника Славгород – Барнаул – Семипалатинск, была освобождена от колчаковцев и на ней установлена Советская власть. Повсюду  были избраны сельские и волостные Советы.

В мае 1919 г колчаковцы, сосредоточив большие силы в Енисейской губернии, вместе с белочехами, румынами, итальянцами и другими частями интервентов начали наступление против партизан к югу и северу от железной дороги. В это время в районе  Степно-Баджея после слияния отрядов Кравченко и Щетинкина партизанские части насчитывали около 3500 человек. Начались затяжные бои, во время которых партизаны израсходовали почти все свои боеприпасы. Силы партизан все больше и больше истощались. После месячных боев в середине июня 1919 г. отряды повстанцев покинули свою главную квартиру -  село Степно-баджей и отступили на юг. Белогвардейцы, вступив в село, подожгли его со всех сторон и  уничтожили. Отряды Кравченко были вынуждены отступать все дальше и дальше на юг. Они предприняли героический поход в Урянхайский край(Туву). Проделав 1000- км путь, они в июле вступили в Кызыл. Отряд насчитывал не больше 1000 человек. К Кызылу подходил отряд белогвардейцев под командованием Бологова. 16 августа колчаковцы начали наступление. Враг имел большое численное превосходство в оружии и  людях. Положение партизан было критическое.   Сражение было не долгим, но кровопролитным . В критический момент боя председатель  Совета партизанской армии С.Сургуладзе и заведующий отделом  снабжения С.Е. Сухорослов вместе с партизанами бросились на наступающих с тыла казаков, отбили их и дали возможность отступить другим частям. Не успел противник занять город, как  повстанцы, собрав силы, перешли в решительное наступление. Белогвардейцы не выдержали наступления и бежали к Енисею. Колчаковцы потеряли сотни убитыми и 300 человек пленными. Около 500 солдат утонуло в реке. Партизаны захватили 2 орудия, пулеметы, 560 винтовок, патроны и снаряды, потеряв 80 человек убитыми и ранеными.

Победа под Кызылом явилась переломным моментом в жизни партизанских отрядов Кравченко-Щетинкина. Вскоре партизаны предприняли марш  на север и 13 сентября 1919г заняли Минусинск.

Со второй половины лета 1919г партизанское движение стало расти еще быстрее и охватило всю Сибирь и Дальний Восток. 23 июля генерал Будберг писал: «В тылу разрастаются восстания; так как их районы отмечаются по 40-верстной карте красными точками, то постепенное их расползание начинает походить на быстро прогрессирующую сыпную болезнь. Какой толк нам в стоянии вдоль линии разных союзников, когда весь организм охватывается постепенно этой красной сыпью!».  

19 июля 1919 г ЦК принял постановление  « О сибирских партизанских отрядах», в котором говорилось, что партизанские отряды должны немедленно установить между собою постоянную связь и совершить переход к централизованному командованию.

Это постановление имело  огромное значение для партизанского движения в Сибири. В августе состоялся съезд партизанских отрядов Тасеевского района. На нем  было постановлено об образовании Северо-Канского фронта во главе с Советом фронта. Партизанские отряды начали переформировываться в полки. Скоро здесь была образована целая партизанская армия. Объединились партизаны Алтая, создав единое командование. Среди солдат интервентов росло недовольство. Летом 1919 г усилилось недовольство  среди белочехов и поляк, которых заставляли подавлять восстания крестьян и рабочих. Этому способствовала политическая борьба, которая велась среди интервентов большевистскими подпольными организациями и революционерами – чехами и поляками, имевшими связь с  русскими коммунистами. По сведениям Стефанского, к началу марта 1919 г в польских частях оформилось 6 революционных групп, в том числе  около 18 человек – в железнодорожной роте, 22 человека – в 4-м пехотном полку, 10 человек – во 2-м пехотном полку, 50 человек – в автоколонне, 7 человек – в механических мастерских и 20 человек – в двух эскадронах улан.

Из месяца в месяц росло число неповиновений и выступлений против властей.  Особенно много недовольства было среди вновь мобилизированных солдат старших возрастов, которые служили в империалистическую войну и на своем собственном опыте испытали все ужасы бойни. Поэтому колчаковцы охотней в свои ряды принимали молодежь, не доверяя старым солдатам.  Происходили восстания в гарнизонах. 11-12 июля  1919 г взбунтовались солдаты 46-го Сибирского полка в Томске. Колчаковские власти арестовали 112 человек, 70 человек приговорили к расстрелу. Наиболее крупное выступления было в Красноярске. В ночь на 30 июля 1919г. в военном городке близ Красноярска восстали части белогвардейцев и пленных мадьяр. Солдаты арестовали офицеров, захватили оружие и двинулись в город. Восстание в конце концов было подавлено, большинство восставших расстреляно на месте. Колчаковцы придумали новый план борьбы с революционерами. Он был изложен военным министром  в докладе Колчаку 17 мая 1919г. В нем  предусматривалось формирование в каждом  военном округе в тылу стрелковой  дивизии полного штатного состава со всеми приданными  ей частями, которая должна  была войти в полное подчинение командующего войсками округа. Эта дивизия предназначалась для борьбы с партизанами, т.к. карательных отрядов явно не хватало. Кроме того, предполагалось выделение бронеавтомобилей и авиации для поддержки войск. Однако этому плану не суждено было осуществиться. Удары Красной Армии заставили Колчака взять  из тыла последние  кадровые дивизии и бросить их на фронт.